Правила оформления счетов-фактур, выставленных на полученную предоплату в счет предстоящих поставок, установлены Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 № 914 (далее - Правила) с учетом изменений, вступивших в силу с 2009 г.

Кроме того, в Письме Минфина России от 06.03.2009 N 03-07-15/39 подробно разъяснен порядок выставления счетов-фактур агентом.

Так, при получении оплаты (частичной оплаты) в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав) агент, осуществляющий в рамках агентского договора реализацию товаров (работ, услуг, имущественных прав) от своего имени, выставляет покупателю на данную сумму счет-фактуру.

При этом Принципал выдает агенту счет-фактуру с отражением показателей того счета-фактуры, который выставил агент покупателю. Агент в данном случае счета-фактуры на полученный аванс в счет предстоящих поставок, выставленные им покупателю, в книге продаж не отражает.

В соответствии с п.1 ст.156 Налогового кодекса Российской Федерации (НК РФ) налогоплательщики, осуществляющие предпринимательскую деятельность в интересах другого лица на основе договоров поручения, договоров комиссии либо агентских договоров, определяют налоговую базу как сумму дохода, полученную ими в виде вознаграждений (любых иных доходов), которые предусматриваются сторонами в договоре.

Соответственно, у посредника возникает оборот по реализации посреднической услуги на сумму причитающегося ему вознаграждения, которое является его выручкой от оказания услуги и отражается по кредиту счета 90 "Продажи".

Следовательно, по оборотам, не связанным с доходом посредника (его вознаграждением), НДС посредниками не исчисляется и не уплачивается. При получении посредником от покупателей авансовых платежей в счет предстоящей поставки товаров (работ, услуг) обязанность по включению сумм полученных авансов в налоговую базу (ст.162 НК РФ) возникает у налогоплательщика - доверителя (комитента, принципала).

Таким образом, в налоговую базу по НДС у налогоплательщиков, занимающихся посреднической деятельностью, в том числе у посредников, занимающихся закупкой и (или) реализацией товаров по договору поручения (договору комиссии, агентскому договору), включается только сумма их вознаграждения. Денежные средства, поступающие от покупателей за реализованные посредником товары (работы, услуги), в том числе полученные авансы, в состав облагаемого НДС оборота у посредников не входят.

При получении от Агента счета-фактуры на сумму предоплаты за агентское вознаграждение Принципал получает право принять "входной" НДС с этой предоплаты к вычету (п. 12 ст. 171 НК РФ). Условия для вычета перечислены в п. 9 ст. 172 Кодекса: наличие счета-фактуры, документов, подтверждающих перечисление предоплаты, а также договора, содержащего условие о предоплате.

Отметим также, что пунктом 3 Правил установлено, что организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие предпринимательскую деятельность в интересах другого лица по договорам комиссии либо агентским договорам, при реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени хранят счета-фактуры по товарам (работам, услугам), имущественным правам и по оплате, частичной оплате в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, полученные от комитента либо принципала, в журнале учета полученных счетов-фактур.

Комиссионеры либо агенты, совершающие действия от своего имени, хранят счета-фактуры, полученные от продавцов по приобретенным для комитента либо принципала товарам (работам, услугам), имущественным правам и по оплате, частичной оплате в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, в журнале учета полученных счетов-фактур.

Кроме того, абзацем 5 п. 13 Правил определено, что доверители (принципалы), приобретающие товары (работы, услуги), имущественные права по договору поручения (агентскому договору) от имени доверителя (принципала), регистрируют в книге покупок полученные от продавца счета-фактуры как на сумму перечисленной денежными средствами суммы оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, так и на указанные товары (работы, услуги), имущественные права.

Таким образом, при перечислении Агентом аванса продавцу продавец выставляет счет-фактуру на аванс на имя Агента. Если аванс был выплачен Агентом за счет средств Принципала, Агент выставляет счет-фактуру на имя Принципала. Такой счет-фактура должен содержать реквизиты ранее выставленного продавцом на имя посредника счета-фактуры, при этом в реквизите "номер платежно-расчетного документа" следует отразить сведения о платежном документе, по которому Агент перечислил аванс продавцу.

Обращаем Ваше внимание, что на сумму, полученную Агентом в возмещение расходов, в части не относящейся ни к вознаграждению, ни к уплаченным Агентом авансам, счета-фактуры Агентом не выставляются.

Рассмотрим на примере схему выставления счетов-фактур в Вашей ситуации, то есть когда Агент оказывает от своего имени услуги для Принципала.

1. Агентом получен авансовый платеж от Принципала на сумму 1 000 000 руб., в том числе 100 000 руб. аванс в счет агентского вознаграждения. Агент удерживает агентское вознаграждение, выставляет Принципалу счет-фактуру на аванс за полученное вознаграждение на сумму 100 000 руб. Принципал принимает к вычету НДС  по счету-фактуре, полученному от Агента.

2. Агентом уплачен аванс поставщику на сумму 500 000 руб. из денежных средств, полученных от Принципала в рамках агентского договора, и получен от поставщика счет-фактура на сумму аванса. Агент регистрирует полученный счет-фактуру на 500 000 руб. в журнале учета полученных счетов-фактур (в книге покупок не регистрирует) и перевыставляет его Принципалу от своего имени, регистрируя его в журнале выставленных счетов-фактур (в книге продаж не регистрирует).  Принципал регистрирует полученный счет-фактуру в книге покупок и принимает НДС к вычету.