Обязанность ведения раздельного учета НДС прямо прописана в НК РФ. Это касается тех налогоплательщиков, которые осуществляют как операции, облагаемые НДС, так и операции, освобожденные от обложения этим налогом.

В этом случае п. 4 ст. 149 НК РФ на таких налогоплательщиков возлагается обязанность вести раздельный учет операций с целью формирования сумм НДС, принимаемых к вычету в соответствии со ст. ст. 170 - 172 НК РФ.

В п. 4 ст. 170 НК РФ продублирована норма о необходимости ведения раздельного учета НДС.

В вашем случае обязанность по ведению раздельного учета возникает по следующим основаниям.

Общество не имеет права принять к вычету НДС по расходам, понесенным в связи с ремонтом яхты, выполненным за счет собственных средств. Данное обстоятельство связано с тем, что указанные расходы компенсируются страховой компанией, а страховое возмещение не облагаются НДС.

Таким образом, данная ситуация расценивается как осуществление операций, не облагаемых НДС, что влечет обязанность по ведению раздельного учета.

Для этого все приобретаемые товары (работы, услуги) нужно разделить по их назначению на три группы, предназначенные:

1) для использования в деятельности, облагаемой НДС;

2) для использования в деятельности, не облагаемой НДС (сюда войдут расходы, понесенные непосредственно по ремонту яхты);

3) для обеспечения деятельности организации в целом, которые однозначно нельзя отнести к какому-то определенному виду деятельности.

НДС, уплаченный по товарам (работам, услугам), относящимся к первой группе, принимается к вычету в общеустановленном порядке.

"Входной" НДС, относящийся к товарам (работам, услугам) второй группы, к вычету не принимается, а учитывается в их стоимости.

Суммы НДС по товарам (работам, услугам) третьей группы принимаются к вычету либо учитываются в стоимости приобретенных товаров (работ, услуг) в той пропорции, в которой эти товары (работы, услуги) используются для осуществления облагаемых НДС операций (освобождаемых от НДС операций).

Эта пропорция рассчитывается исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), не облагаемых (облагаемых) НДС, в общей стоимости товаров (работ, услуг), отгруженных за налоговый период. По мнению налоговых органов, выручка при расчете пропорции в соответствии с п. 4 ст. 170 НК РФ должна приниматься в расчет без учета НДС (Письмо МНС России от 19.01.2004 N 03-1-08/111/18).

В соответствии с п. 31 раздела ХI Приказа Минфина РФ от 7 ноября 2006 г. N 136н «Об утверждении формы налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость, и порядок ее заполнения», раздел 9 декларации заполняется налогоплательщиком, либо налоговым агентом, осуществляющим операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения), и операции, не признаваемые объектом налогообложения, а также операции по реализации товаров (работ, услуг), местом реализации которых не признается территория Российской Федерации.

Таким образом, по нашему мнению, Ваша организация обязана вести раздельный учет по НДС и заполнять раздел 9 декларации по НДС.